Identificación de variantes genéticas relacionadas con diabetes mellitus tipo 2 en población española

Resumen

IDENTIFICACIÓN DE VARIANTES GENÉTICAS RELACIONADAS CON DIABETES MELLITUS TIPO 2 EN POBLACIÓN ESPAÑOLA. INTRODUCCIÓN: La DM2 es una enfermedad metabólica multifactorial compleja en la que participan tanto factores ambientales como genéticos. Numerosos estudios han demostrado que la influencia de la genética en el riesgo de padecer DM2 es significativa. La heredabilidad estimada puede variar entre un 25% al 80% dependiendo de la población de estudio y de la herencia familiar. Sin embargo, las variantes encontradas hasta el momento, que tienen valores de Frecuencia del Alelo Minoritario (MAF) > 0.05, solo explican una pequeña parte del riesgo de padecer DM2, sobre un 15%, el resto aún está por identificar. La búsqueda de variantes poco comunes o con valores de MAF < 0.05 pueden tener un efecto funcional relevante y afectar al desarrollo de la enfermedad. Actualmente, gracias al rápido desarrollo de la tecnología, se pueden realizar estudios y análisis de secuenciación de exoma completo que permiten encontrar variantes poco frecuentes con mayor fiabilidad. OBJETIVOS: Identificar variantes genéticas en genes seleccionados de estudios previos, así como en muestras de exoma que puedan estar asociadas a DM2 en población española. Idear un flujo de análisis bioinformático fiable y automático para poder utilizar analizar los datos y que pueda ser utilizado en futuros proyectos. METODOLOGÍA: Parte 1: Estudio de 19 genes en una población compuesta por 588 casos de entre 30 y 65 años y 832 controles de los 50 y los 75 años de edad. Secuenciación de multiplexes de amplicones por técnicas NGS, Desarrollo de un flujo de análisis bioinformático y análisis estadístico de asociación posterior. Parte 2: Preparación de 119 genotecas de exoma caso/control, secuenciación por NGS y análisis bioinformático conjunto con 369 exomas caso/control extra disponibles, análisis descriptivo y estadístico de las variantes encontradas. RESULTADOS: Parte 1: En total se han encontrado 539 variantes en los 19 genes analizados de las cuales 11 de ellas, han sido estadísticamente significativas en la asociación con la DM2 en el estudio caso/control realizado. Parte 2: Se han encontrado en conjunto 12708 variantes genéticas en los 488 exomas analizados. De entre ellas, 49 variantes han resultado significativas en la asociación con DM2 dentro de la comparación caso/control analizada. CONCLUSIONES: En este trabajo se ha llevado a cabo la identificación de variantes genéticas relacionadas con la DM2 mediante estudios de exoma y validación de genes previamente identificados. Se ha diseñado y automatizado un flujo de análisis bioinformático para ser utilizado en futuros proyectos. Aun así, son necesarios otros estudios que puedan replicar estos u otros resultados en poblaciones de mayor tamaño, así como estudios funcionales.