Estudio mecanocuántico, docking y dinámica molecular de tioazúcares como inhibidores de la proteína fucosidasaalgoritmos para el análisis conformacional y programa para el cálculo de constantes de acoplamiento vecinales (cal3jhh)

Abstract

En esta tesis se hace un estudio computacional (incluyendo cálculos ab initio y DFT) de varios tioazúcares representativos, con un átomo de azufre en el anillo de piranosa, y se analiza, mediante estudios de docking y dinámica molecular, su poder inhibitorio frente a la enzima alfa-L-fucosidasa. Se ha diseñado una metodología propia para el análisis conformacional sistemático del anillo de seis átomos, habiéndose implementado nuevos algoritmos para la caracterización de las formas no ideales de dicho anillo y para la generación de las diferentes formas canónicas del mismo. Además, se ha desarrollado, en JAVA, un programa de libre acceso, denominado CAL3JHH (http://www.ugr.es/local/gmdm/java/3jhh/cal3jhh), que automatiza el proceso de reconocimiento y el cálculo de las constantes de acoplamiento de hidrógenos vecinales 3JH,H, incluyendo el promedio según las poblaciones de Boltzmann.